전문대와 일반 4년제 대학교 둘 다 정시 지원해서 합격했다고 가정했을 때 일반 4년제 대학교를 가고 싶다면 전문대를 등록 안하고 4년제 대학교를 등록하면 되나요??

네 맞습니다. 전문대, 일반대 동시 합격한 경우 원하는 대학 한 군데만 등록하면 됩니다.